但是近几年来，不少专家、学者又详细地考察了敦煌境内的汉长城、烽燧，进行了大量的发掘工作，获得了不少实物证据，对上述所谓汉代玉门关提出了不同看法 。他们认为，以上述木简为据，小方盘城只能说是“玉门都尉”的治所，并不能由此认定它就是玉门关 。再说，对这座里面仅有几间土房，大小与北京的四合院相差无几的古堡，就是普通百姓也会提出质疑：难道当年设有重兵把守的、通往西域的重要交通孔道，竟是这样的一个小据点?
历史上的东汉初年，仍以西汉的玉门关、阳关为西部边境的门户 。到了汉和帝(公元89年到公元105年)的时候，匈奴常常杀汉吏，朝廷认为应该关闭玉门关，于是把关口移设在今酒泉地区的玉门镇，向东移动了四百多公里，放弃了西汉所筑的玉门关 。
后来，班超的儿子班勇写了《辨闭玉门关弃西域》的疏文，认为应仍以西汉时的玉门关口，置校尉长史以捍抚西域各国 。于是，朝廷就派班勇为西域长史，以西汉玉门关为门户，率兵驻守西域鄯善、龟兹、温宿各国，并发兵驱走西域的匈奴势力，西域得以平安 。
到了魏晋以后，汉玉门关被再度废弃 。自唐朝以后，汉玉门关址当初设在何处，一直没有人说得清楚 。近百年来，中外史学家、考古学者纷纷驰骋大漠戈壁之中，力图探索、考定汉玉门关的关址，可至今仍未做出确定的结论 。
【历史上"玉门关"究竟在哪里?现实中的玉门关究竟是什么样子呢?】虽然，人们对于汉代玉门关的故址莫衷一是，但是，人们宁愿把这仅存的古堡视为玉门关的遗迹 。千百年来，多少人千里迢迢来到这里，为的是在登上古堡、遥望大漠的同时，去追忆祖先的光辉业绩 。在古炮台上，人们在吟诵唐朝诗人王昌龄“黄沙百战穿金甲，不破楼兰终不还”的豪迈之声时，仿佛看到汉朝大将李广利挥麾旌旗、浴血奋战的壮烈场面 。

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