濒临灭绝的物种,6种为中国特有种,黄山特有2种,首次在黄山发现或以黄山命名的植物有28种,尤以名茶“黄山毛峰”、名药“黄山灵芝” 。黄山市具有丰富的森林资源,全市自然分布着七百多种树木,加上引种培育的树种,共有1000多种之多 。其中,经济价值较高的约有1000种,属于国家重点保护的珍贵树种有香果树,红楠,花榈木,红椿;省定保护木种有金钱松,南方铁彬,三尖杉,银杏,掌楸,黄山木兰,樟树,天目木姜子、连香权、领春木、天女花、青钱杉和中华猕猴桃等15种;还有黄山松、华冬黄杉、红豆杉、光皮桦和青檀等树种,属于优良建筑用材的树种,约有一百余种,主要为杉、松、檫、樟、楠、楮、栲等 。杉木多分布在休宁流口和溪口,松树多分布于祁门、黟县和黄山区,毛竹主要分布在休宁、黄山区和祁门,其它杂木主要分布在牯牛降和清凉峰,以及祁门、黟县、歙县和黄山区 。全市森林覆盖率为73%,木材蓄积量为2400万立方米,毛竹约5000万根,年产茶叶2.5万吨左右,是华冬木材的重要产地和著名的茶叶产区 。
黄山动物种类300多种,其中属于国家保护的珍贵鸟兽有20多种,溪河塘坝中
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