而越华书院之影响 ， 还不仅在教育领域 。 1839年初 ， 钦差大臣林则徐抵达广州主持禁烟 ， 即以越华书院为驻节行辕 ， 带领地方官员体察民情 ， 制定禁烟措施 ， 并推行查烟贩、筑炮台、练水勇等一系列举措 。 曾任广州越华书院及粤秀书院监院、学海堂堂长的著名学者、史学家、地理学家梁廷枏 ， 也发挥自身熟悉当地情况的有利条件 ， 出谋划策 ， 给林则徐以很大支持 。
鸦片战争之后 ， 曾经由商人捐资、接收商人子弟的越华书院大不如前 。 斋舍讲堂因经费穷绌 ， 颓败失修 ， 教学条件日渐恶劣 ， 无法聘请名师大儒主讲 ， 其地位渐被学海堂、菊坡精舍、应元书院取代 。
世称“九江先生”的名儒朱次琦、“东塾先生”陈澧都曾入读越华书院 。 前者门人有康有为、简朝亮等知名人物 ， 后者后受聘为学海堂学长、菊坡精舍山长 ， 提倡朴学 ， 造就了“东塾学派” 。 清代词坛“粤东三家”之一叶衍兰也曾主讲于此 。
应元书院
开办第一年会试就出状元
宋代以来 ， 广东书院渐从山林之间转入城市 。 清代的广州城位于越秀山与珠江之间 ， 东西以濠水为界 。 清代广州官办书院主要分布在今广州市越秀山和中山路一带 ， 围绕着清代广州衙署区而建 。 这样既便于官府加强对书院的监管 ， 同时建于越秀山麓 ， 靠近主城区也便于书院师生的日常学习生活 。 如张之洞创建广雅书院时就曾提出书院的院址应是“山水幽胜 ， 去省亦不甚远 ， 在不喧不寂之间 。 ”
应元书院于同治八年(1869年)由广东布政司王凯泰在越秀山麓的应元宫创办 。 王凯泰曾师从阮元 。 道光二十六年(1846年)中举 ， 后入李鸿章军幕 ， 得到曾国藩、李鸿章等重臣的联名举荐 ， 迁任浙江按察使 。 同治六年(1867年)任广东布政使 。 《清史稿》列举他在广东的政绩：“裁陋规 ， 省差徭 ， 覈厘捐 ， 丈沙田 ， 濬城中六脉渠 ， 增建应元书院 。 ”
应元书院的院长李文田在广东文化史上很有名 。 他是咸丰九年(1859年)的探花 。 李文田操守耿介而端正、学问淹雅广博 ， 被在京的广东名士奉为魁首 。 光绪二十一年(1895年) ， 梁启超和老师康有为一起到北京参加会试 。 典试正座为吏部尚书徐桐 ， 副座为礼部侍郎李文田 。 据说李文田看了梁启超的试卷后被深深打动 ， 可手头名额已满 ， 便去求徐桐给一个名额 。 但徐桐讨厌梁启超的卷稿“牵引古义 ， 越出绳尺” ， 因而拒绝了李文田 。 李文田无奈 ， 只得在梁启超的卷子上批了一句：“还君明珠双泪垂 ， 恨不相逢未嫁时 。 惜哉惜哉！”
曹思彬在《广州历代书院沿革》中指出 ， 该书院着重于科举,因此粤东举人多在此求学深造 。 今天广州的应元路,亦因而得名 。 后科举没落 ， 应元书院也随之衰落 ， 光绪二十九年(1903年)停办,改为广东先贤祠 。
据《广东书院史话》载 ， 在王凯泰来广州之前 ， 广东在清代只出过庄有恭、林召棠两位状元 。 王凯泰认为广州山明水秀 ， 灵气所钟 ， 断不应只出两个状元 ， 于是亲自在城中勘察 ， 最后看中越秀山 。 “应元” ， 取“多出状元”之意 。 当时广州已有粤秀、越华、羊城三大书院和学海堂、菊坡精舍等大馆 。 王凯泰决定另辟蹊径 ， 办一所专供举人肄业的书院 ， 只收举人 。 《广东书院史话》称：“应元书院就是一所研究生院 。 ”
同治十年(1871年) ， 是应元书院开办后第一个会试之年 ， 一下子出了九位进士 ， 其中五人入了翰林 。 顺德人梁耀枢以进士廷对第一 ， 成为广东清代第三个状元 。 “应元”二字果然“灵验” 。

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