感谢邀请 。按照原作顺序来说，是有以下几个人是知道柯南的真实身份：
1、阿笠博士
在工藤新一被灌药之后，自己跑到阿笠博士家并告知自己的身份，才能很好的隐藏自己的身份，在开头第一集里就有过介绍，这个是大家都知道的 。
2、工藤夫妇
工藤新一的爸妈也是知道的 ， 而且还是在阿笠博士的帮助下捉弄了柯南一回 。
3、服部平次
在《外交官杀人事件》中，服部平次由于昏迷时间短暂 ， 大致听完了柯南的推理，自然就怀疑起他的身份，柯南无奈只能把真相告诉服部平次，并在后面的故事中多次帮助柯南摆脱身份危机 ， 谁让大家都长着同样一张脸 。
4、宫野明美
在宫野明美临死之际柯南自己坦露自己的身份，不过明美已死，也不担心会泄露出去 。但问题就是柯南完全不担心周围有黑衣组织的人或者明美身上装有窃听器 。
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5、灰原哀
作为APTX4869的制作人，现在又住在阿笠博士家里，自然是知道一点的 。
6、贝尔摩德
贝尔摩德虽然没有明说知道柯南身份，但从原作中对柯南的态度以及在国外被小兰救过的画面来看，应该是知道的，不然不会对柯南和小兰那么放纵 。
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7、本堂瑛佑
靠自己的推理得知，又设计让柯南承认，所以他是知道的 。
8、赤金秀一
从两人的合作过程赤井秀一就有考虑过柯南的身份，在伪装成冲矢昴的时候也听到过柯南用工藤新一的身份给小兰打电话，所以他也知道的人之一 。
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9、领域外的妹妹和世良真纯
从原作中细节可以看错她们对柯南的采取的试探，应该会是知道柯南身份的人之一 ， 但目前的证据还不足说明 。
阿笠博士：新一变小后第一时间告知 。
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灰原哀（宫野志保）：变小之前已经怀疑新一没有死 ， 并且去到新一家调查，变小后由阿笠博士告知 。
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服部平次：发现柯南和新一之间的疑点后，逼柯南承认 。
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工藤优作，工藤有希子：由阿笠博士告知 。
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怪盗基德（黑羽快斗）：剧场版里由柯南直接告知 ， 不过之前已经怀疑了他的身份 。
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贝尔摩德：通过假扮新出医生在小兰的学校里调查得知 。
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宫野明美：死之前由柯南告知 。
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本堂瑛佑：对柯南说起要跟小兰表白后被柯南直接拒绝并且告知真实身份 。
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泽田弘树：在和柯南一起玩的“茧”的信息里得知 。
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爱尔兰：通过指纹对比得知，但并没有上报组织 。
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