是因为所谓“时移事易” 。
由于刘玄政权先天不足和后天决策多次失误，原本奉其正朔的地方势力 ， 包括刘嘉、隗嚣、刘秀等先后独立或半独立，其能实际控制的地盘只剩下长安-洛阳间狭小的一块，且在这有限版图里刘玄所封的若干个异姓王（前绿林将领）还互相争斗仇杀，且都喜欢拉外援助拳，赤眉原本曾向更始称臣，见其不能成事而反目 ， 又在更始诸将互斗中坐收渔翁之利，事实上还没等赤眉攻入长安，更始关中诸将已自乱阵脚相互残杀 ， 迫使更始放弃长安逃亡高陵，最后不得不投降，关中诸将坚持抵抗至死的只有一个曹竞，另一个比较忠于更始的重要将领朱鲔则被已称帝的刘秀困死在洛阳 ， 无法相顾，可以说赤眉只是摘下了一个早已烂透的熟桃子，难度很低 。
而刘秀则是先收河北 ， 再取洛阳、陕东，建立了一片虽然幅员有限、但坚实巩固且后勤充足完善的根据地 ， 然后静待坐拥几十万乌合之众、株守关中的赤眉自乱阵脚 。关中经过王莽之乱后早已残破，赤眉缺乏政治和行政治理经验，又有严重流民习气，挤在关中坐吃山空，人马越多越难持久，为解决后勤问题不得不大肆掠夺，这又让他们更难赢得关中人心，因此虽曾击败过邓禹、冯异等汉军攻击 ， 但最终却步了绿林后尘不战自乱，自动放弃长安逃往关中 ， 他们的目标就两个字——粮食，因此当几十万“难民”被东汉军堵住去路时，自然也就连一战的勇气都没有了：对方正煮饭呢，投降就可以随便吃 。
在东汉各股反王莽势力中 ， 赤眉无论政治、军事素质都几乎是最差的，其首领樊崇等人因为出身太低，眼界十分有限，拥兵数万后才姗姗来迟地建立了一套指挥系统 ， 最高指挥官的头衔居然是“三老”，副手则是“从事”（相当于村长和村干部），拥立刘盆子、关中建政也形同儿戏，甚至比更始还不如（毕竟更始有攻灭王莽之功，且即位之初得到广泛的认同，虽然很多认同不过是名义上的，而刘盆子的“大汉皇帝”连他亲哥刘恭都不敢认），其军队只有在极特殊情况下才能迸发出较高战斗力，其昙花一现并败给好整以暇的刘秀及其手下一干宿将，可谓必然结果 。
中国各地区的民风导致各地的武装战斗力不同 ， 赤眉军发源于徐州周围的淮海地区，这里历史上走出了很多武力强大的集团，比如刘邦集团，项羽集团 ， 曹操集团，北府军集团， ， ，，，红巾军集团 ， 朱元璋集团，捻军集团等等 。
绿林军来源于湖北河南交届那一片，一方水土一方人 ， 普遍战力上来讲，固然绿林军打不过赤眉军 。
刘秀打赤眉军也蒙受了巨大损失，派遣的邓禹率精兵想坐山观虎斗等着摘桃子，结果 ， 邓禹在和赤眉军的战斗中几次全军覆没 。最终的胜利还是靠刘秀平定河北洛阳，率大军以守带攻的方式，把赤眉军围堵饿的筋疲力尽逼降的 。
还有个点很多人没注意到，现在河南南阳和湖北襄阳人争抢刘秀故里的称号，可是很多人却没注意到刘秀出生在山东，童年生长在豫东淮海地区南顿镇的事实 。也许刘秀能爆发出的战斗力和他童年在淮海地区成长有关 。
【刘秀和绿林军赤眉军 王莽是刘秀所灭还是刘玄】总结起来就是赤眉军本身战斗力高