有的逃走，如北镇抚司掌刑指挥吴邦辅，在北京城破后逃往南京 。有的拱卫南明小朝廷，如广东都指挥使马吉翔 。他先后拥立隆武帝、永历帝，成为锦衣卫指挥使 。1657年转职为大学士，后来更是晋升为内阁首辅 。马吉翔由此创造了一项纪录：他是大明300年唯一以锦衣卫身份成为内阁首辅的大臣 。
【明朝灭亡后锦衣卫的结局如何】清廷入关后，收编了锦衣卫，锦衣卫的官名等一律沿用，只是取消了侦缉、监狱的职能，变成了皇帝的仪仗队 。一年后 ， 清廷将锦衣卫改名为“銮仪卫” 。从此，在明朝存在了近300年的锦衣卫从历史长河里永远消失了 。

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