元代，武州山石窟寺庙院尚存 。
明代，大同云冈再度荒废 。云冈之称始于明嘉靖年间，明末崇祯十七年(1644年)李自成起义军路经大同，留部将张天琳驻守后清军入关攻占大同 ， 云冈寺院再遭兵燹，沦为灰烬 。
清代 ， 清顺治八年(1651年)云冈寺院得以重修 。现存第5、6窟的木构窟檐和寺院即为此时重建 。1696年，康熙皇帝于冬日回銮巡幸云冈寺并御书匾额"庄严法相" 。清乾隆年间云冈石窟亦曾有修葺 。
近代，1949年中华人民共和国成立，云冈石窟的主要洞窟和窟前木结构建筑(第5、6、7窟)均保存完好 。1952年设置专门保护机构 ， 石窟文物得以妥善保护，并对公众开放 。
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