中国疾病预防控制中心有下属科研部门11个,有国家重点实验室1个,国家卫生计生委重点实验室3个,中心重点实验室3个 。
世界卫生组织参比实验室(5个):WHO流感参比和研究合作中心、WHO西太区麻疹风疹参比实验室、WHO西太区脊灰参比实验室、WHO西太区乙脑参比实验室、WHO西太区轮状病毒参比实验室
国家研究中心(2个):国家朊病毒检测中心、中国微生物菌毒种/医学病毒保藏管理中心
国家级重点实验室(1个):传染病预防控制国家重点实验室
省、部级工程研究中心(1个):卫生部微生物基因组研究中心
省、部级重
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