房产证遗失后，房屋所有权人并不因此失去房屋所有权，权利人可根据登记簿的记载主张和行使权利，并可要求机关根据登记簿上的记载补发房产证 。可见，房产证不能脱离登记簿的记载而发挥其证明作用 。
所谓“房屋权属证书是权利人依法拥有房屋所有权并对房屋行使占有、使用、收益和处分权利的唯一合法凭证”的规定，实际上颠倒了房产证和不动产登记簿的关系，误解了物权公示的原则、意义和适用规则 。房产证也不具有代表房屋所有权的功能，这一点与证券大不相同 。
同是书面凭证，证书与证券在性质上的主要区别是：证书仅仅是证明法律事实的书面凭证，房产证作为权利证书，只能证明特定房屋所有权归属于谁，而不能代表其上记载的权利；证券不仅能够证明权利的归属，如当事人在诉讼中即使只有持有证券这一孤证，亦可充分证明其拥有证券上的权利， 而且还能代表其上记载的权利，移转交付证券即产生权利移转的效力 。当然，在与房屋有关的交易活动中，房产证还是能够起到一定的证明作用 。
但是，房产证所起到的只是初步的证明作用 。在房屋买卖的缔约过程开始时，欲出卖房屋的一方出示房产证，可以初步证明自己是房屋所有权人，有关的缔约谈判可以据此展开 。
如果双方初步达成一致并且准备签订房屋买卖合同时，一方当事人不应只根据对方房产证的记载就与之订立合同，而应当到房地产主管机关查阅房屋登记簿，以了解对方是否为真正的房屋所有权人、该房屋上是否设定了抵押等情况，因为只有登记簿上的记载才是具有公信力的权利归属证明 。在房屋买卖合同履行时，卖方向买方交付房产证，并不产生 房屋所有权移转的法律效果，必须在不动产登记簿上进行所有权主体的变更登记（即通常所说的“过户登记”），才能产生房屋所有权移转的法律效力 。
严格说来，在房屋所有权移转过程中，房产证是不能随之移转的，房地产主管机关在进行过户登记之后，不应将卖方原先持有的房产证经变更记载后转交给买方，而应当将卖方原先持有的房产证收回，再向买方发放新的房产证 。可见，在房屋交易过程中，房产证的证明作 。
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