吴均通史学 。在任奉朝请期间，先是上表欲撰《齐书》，求借《齐起居注》及《群臣行状》，武帝不许 。
遂私撰《齐春秋》，成稿30卷 。如实称武帝为齐明佐命，武帝不悦，以“其书不实”为名，使中书舍人刘之遴诘问数十条，竟支离无对 。
武帝下令焚之，并免其职 。不久，武帝又召令撰《通史》，起三皇迄齐代 。
吴均撰本纪、世家已毕，惟列传未就而卒 。吴均还注范晔《后汉书》90卷，著《庙记》10卷、《十二州记》16卷、《钱唐先贤传》5卷等 。
为文清拔，工于写景，尤以小品书札见长，诗亦清新，多为反映社会现实之作，为时人仿效，号称“吴均体” 。《与朱元思书》以简洁而传神的文笔，描写富春江两岸清朗秀丽景色，读后如亲临其境；《与施从事书》、《与顾章书》，将青山、石门山景物描绘得如诗如画、惟妙惟肖，为六朝骈文名著 。
现存的志怪小说《续齐谐记》，是继南朝宋东阳无疑《齐谐记》而作，故事曲折生动，人物性格鲜明，鲁迅誉为“卓然可观” 。其中《清溪神庙》、《阳羡鹅笼》尤为出色 。
吴均诗文著作较多，惜多散佚 。
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